A sequência completa do genoma da Cyanopsitta spixii, a Ararinha-Azul.

 

Olá Araras Azuis!!! Eu fiz a tradução de um artigo acadêmico de medicina veterinária sobre o genoma da Ararinha Azul. Eu particularmente gosto muito e tenho interesse em seguir a área de genética  e reprodução na Medicina veterinária,então gosto de pesquisar sobre essas coisas e postar aqui.Eu traduzi o artigo para o português e  Desculpe qualquer erro na tradução sou iniciante no Inglês!!  Clique Aqui para acessar a pesquisa original em inglês!!

Vamos Para o Post: 

Introdução:

A ararinha-azul é uma ave de tamanho médio com plumagem azul-acinzentada. Os machos são ligeiramente maiores que as fêmeas, mas idênticos em aparência.A espécie era endêmica das matas ciliares da galeria Caraibeira ( Tabebuia aurea ) na bacia de drenagem do Rio São Francisco, na Caatinga do Nordeste do Brasil. Tinha um habitat natural muito restrito ao longo de vários pequenos rios. Alimentava-se principalmente de sementes de duas espécies de Euphorbiaceae, vegetação dominante da Caatinga (Barros et al. 2012) . Devido ao desmatamento em sua distribuição limitada e habitat especializado, a ave era rara na natureza ao longo do século XX. A IUCN conduziu vários anos de pesquisas tentando localizar populações selvagens vivas, mas foi oficialmente declarada extinta na natureza em 2019. (Atualização em 2022 20 exemplares foram soltos na natureza.)

Métodos:

A amostra genética foi fornecida pelo Banco de Biodiversidade da Vida Selvagem da San Diego Zoo Wildlife Alliance pela Conservation Genetics Team.  bA extração de DNA foi realizada usando o kit de extração genômica Qiagen DNAeasy usando o processo padrão. Uma biblioteca de sequenciamento emparelhado foi construída usando o kit Illumina TruSeq de acordo com as instruções do fabricante. A biblioteca foi sequenciada em uma plataforma Illumina Hi-Seq em formato paired-end, 2 × 150bp. Os arquivos fastq resultantes foram cortados da sequência do adaptador/primer e regiões de baixa qualidade com Trimmomatic v0.33 (Bolger, Lohse e Usadel 2014) . A sequência aparada foi montada por SPAdes v2.5 (Bankevich et al. 2012) seguida por uma etapa de acabamento usando Zanfona (Kieras, O'Neill e Pirro 2021) .

Resultados:

A montagem do genoma rendeu um comprimento total de sequência de 1.092.480.392 pb em 53.615 estruturas.

Disponibilidade de Dados:

ontagem GenBank enviada

GCA_024336845.1

Táxon

Cyanopsitta spixii (arara-azul)

Isolar

Presley

Projeto WGS

JANBPP01

Tipo de montagem

haplóide

Remetente

Genomas Iridianos

Data

20 de julho de 2022

Estatísticas de montagem

	GenBank
Tamanho do genoma	1,1 GB
Comprimento total sem intervalo	1,1 GB
Número de andaimes	53.615
Andaime N50	36,3kb
Andaime L50	8.942
Número de contigs	74.381
Contig N50	26,5kb
Contig L50	11.779
Porcentagem de GC	41,5
Cobertura do genoma	160,0x
Nível de montagem	Andaime

Detalhes da amostra

ID da amostra biológica

SAMN19969212

Descrição

Organismo modelo ou amostra animal de Cyanopsitta spixii

Comente

Cyanopsitta spixii

Nome do proprietário

Genomas Iridianos

Comprovante de amostra

IRGN:KB-13073

Isolar

IRGN KB-13073

Tecido

sangue

Estágio de desenvolvimento

adulto

Sexo

macho

Fornecedor de biomateriais

Zoológico de San Diego

Nome da amostra

Cyanopsitta spixii

SRA

SRS9395875

Modelos

Organismo ou animal modelo

Pacote

Modelo.organismo.animal.1.0

Data de submissão

30 de junho de 2021

Data de publicação

22 de julho de 2022

Ultima atualização

11 de março de 2023 

Métodos de montagem

Tecnologia de sequenciamento

Iluminar

Método de montagem

SPAdes v